Wii Uがゲームパッドを2種類しかサポートしない(発売当初は1種類しかサポートしない)という懸念が浮上した後、任天堂はWii U Proコントローラーを発表しました。これは、Xbox 360のデザインを踏襲し、完全に再設計されたWiiクラシックコントローラーProです。最近、任天堂はWii U Proコントローラーのバッテリー駆動時間が1回の充電で80時間にも及ぶことを宣伝しています。これは、PS3やXbox 360のコントローラーのわずか20~30時間と比べても驚異的です。
しかし、Wii U Proコントローラーにはちょっとした欠点があります。Wii UはWiiゲームとの下位互換性があるにもかかわらず、ゲームをプレイするにはWiiクラシックコントローラーProが必要です。つまり、Wiiゲームをプレイしたいと思ってWii Uを購入したゲーマーは、WiiクラシックコントローラーProを手に入れるために多少の出費をしなければならないということです。